昌吉市属中温带区，为典型的大陆性干旱气候，具有冬季寒冷、夏季炎热、昼夜温差大的特点。由于地形条件的影响，由南向北气候差异较大，南部夏季降水较多；北部沙漠性气候特征显著。特产主要有吉木萨尔大蒜、吉木萨尔红花、木垒白豌豆、木垒鹰嘴豆、奇台白洋芋、奇台面粉、奇台四平头辣椒、石梯子洋葱、五工台红薯等。