巴州属典型大陆性气候，四季分明，昼夜温差大，春季升温快而不稳，秋季短暂而降温迅速，多晴少雨，光照充足，空气干燥，风沙较多。其中，南5县（市）即库尔勒、尉犁、轮台、且末和若羌属塔里木盆地东部暖温带干旱区，该区的农业气候优势是光热充足，热量资源较丰富。特产主要有巴音布鲁克蘑菇、博斯腾湖草鱼、博斯腾湖鲤鱼、库尔勒香梨、轮台白杏、若羌红枣、尉犁甜瓜、尉犁西瓜、焉耆大白菜、焉耆大白瓜籽、焉耆红辣椒、焉耆小茴香等。