在面积占据东京都西部的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”中，学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者、低能力者、异能力者、强能力者、大能力者和超能力者。故事从学园都市最强的电击公主“超电磁炮”御坂美琴，某天认识了和白井黑子一样担任风纪委员的初春饰利开始……