清朝入主中原后,顺治二年(1645年)四月癸亥(十一日),御史赵继鼎奏请纂修《明史》(注:赵继鼎奏请纂修《明史》的记载,见于《清世祖实录》卷15,何冠彪《顺治朝〈明史〉编纂考》一文首揭此事。但清廷何时决议纂修,尚无确切史料证实。清代官书中亦不见有关纂修《明史》的诏令,《清世祖实录》中仅见几位总裁于顺治二年五月癸未的上奏,其中言,“臣等钦奉圣谕,总裁《明史》”,并提出副总裁及纂修人员名单。这种“钦奉圣谕”,很可能仅是早朝时的口头指示而已。以往论著称顺治二年五月“诏修《明史》”,表述确实有所不当,准确言之为:顺治二年五月,清廷组成《明史》的纂修人员。),得到了清廷认可。
其后,大学士冯铨、李建泰、范文程、刚林、祁充格为总裁,操办此事。是年五月,由总裁提名副总裁和纂修官,并设收掌官七员,满字誊录十员,汉字誊录三十六员, 揭开了清朝官方纂修《明史》的序幕。康熙四年(公元1665年),重开明史馆,因纂修《清世祖实录》而停止。康熙十八年(公元1679年),以徐元文为监修,开始纂修明史。于乾隆四年(公元1739年)最后定稿,进呈刊刻。《明史》是我国历史上官修史书中纂修时间最长的一部。如果从清顺治二年(1645年)开设明史馆起,到乾隆四年(1739年)正式由史官向皇帝进呈,前后历时九十四年。假如从康熙十八年(1679年)正式组织班子编写起至呈稿止,为时也有整整六十年之久。