《竹书纪年》对史学界的震撼，在于它所纪录的史料与《史记》所描述的不单只内容不同，而且价值取向相异。竹书纪年描述了从夏朝到战国时期历代所发生的血腥政变和军事冲突，根据《史记》所记载，商朝太甲被伊尹囚禁3年后，伊尹见太甲改过自新，便郑重的将国家交给他。太甲复位后，沉痛接受教训，成为了一个勤政爱民、励精图治的圣君。不过，《竹书纪年》对此却有不同的描述：伊尹放逐太甲后，自立为王，7年后，太甲潜回杀掉篡位的伊尹，并改立伊尹的儿子伊陟和伊奋继承伊家 。杜预说“此为大与《尚书》叙说大甲事乖异，不知老叟之伏生，或致昏忘，将此古书亦当时杂记，未足以取审也。

竹书纪年早在汉代时就已经散佚。279年的西晋，一个位于今日河南省的魏王墓被盗挖，盗墓者被捕之余，亦同时让墓里的大批竹简出土。当时国家对这件事情非常重视，晋武帝命令中书监荀勖、中书令和峤负责翻译竹简（因为魏国文字和秦国的小篆差异颇大） ，竹简长度为古尺二尺四寸，每简四十字，凡十三篇，起于黄帝，周平王东迁后用晋国纪年，战国时期三家分晋后用魏国纪年。期间又遇上八王之乱等多次政治纷扰，秘书丞卫恒在从事“考正”时际被杀，使整理的进度大受打击，由卫恒的好友佐著作郎束皙续成 。最后负责官员把史书纪录的部份整理好，并将之命名为《竹书纪年》。《竹书纪年》多记晋国与魏国之事，一般将此书看成是魏国的史书 。

由于《史记》采用纪传体来记述事件，竹书纪年的出现，可以从另一角度审视史记内容，如“夏启杀伯益”、“太甲杀伊尹”、“文丁杀季历”、“共伯和干王位”，与史书有极大差异。又如《竹书纪年》记载：“懿王元年，天再旦于郑……”，可能是指公元前899年4月21日，郑（今天的陕西凤翔或华县）地区清晨时发生的日全蚀，可据此推定周懿王元年的真实年份（也有学者对这个说法存疑）。王国维在《今本竹书纪年疏证》中指出今本纪年中的周幽王六年（前776年）日食出自《诗经·小雅》“十月”和《新唐书·历志》“大衍历议日食”，本是周代的无年代日食纪录和唐代以前的计算结果。