湖南省醴陵县（今醴陵市）人，1887年3月生于醴陵县茶山岭乡。1906年考入长沙岳麓山崇古学堂，三年后改入湖南法政学堂。辛亥革命后，相继入湖南将校养成所、武昌第3陆军中学、保定陆军军官学校第3期步兵科学习，1916年毕业后任湘军暂编第1师第1旅排长。1918年3月回醴陵收缴溃兵散枪，组织游击队，参与对张敬尧北军的作战，被湘军总司令程潜委任为游击队司令员。1919年夏湘军内讧，谭延闿继任湘军总司令，第1师第1旅第3团团长唐生智将其所率领的部队改编为骑兵营，他任营长，后来升任骑兵团团长、第9旅旅长。1926年7月，随唐生智参加国民革命军，任第8军第1师师长，并加入中国国民党。攻克武汉后，升任第35军军长。1927年4月率部继续北伐，进军河南。

1927年宁汉战争中，第4集团军总司令兼第2方面军总指挥唐生智任命他为江左军总指挥兼安徽省代理主席。11月，在唐生智因战事失利通电下野后，他分析形势，采取应变措施，为保存实力，率部撤踞湖南，任湘西善后委员会委员长。1928年1月，南京政府西征军占领长沙，3月4日他通电求和，所部建制改编后得以保留，并兼任湖南清乡督办署会办，提出“宁可错杀三千，不可放走一人”的反动政策，大肆屠杀共产党人和工农群众。11月，任湘赣“剿匪”总指挥部代总指挥，率20个团参与“围剿”井冈山革命根据地。

1929年2月，蒋桂战争爆发，他拥蒋反桂，率部胁迫李宗仁、白崇禧下野，南京国民政府任命他为湖南编遣特派员、湖南省政府主席、讨逆军第4路军总指挥。1930年1月，率部入桂讨伐湘桂联军。5月，中原大战爆发，联军攻克湖南，他退守岳阳、常德，援湘粤军入湖南，又督师反攻。7月27日中国工农红军3军团乘虚占领长沙，他逃至沅江。8月5日，向红军反扑，在长沙疯狂屠杀共产党员和工农群众。从1930年冬开始，他参加了对江西中央革命根据地第一、二次“围剿”，并反复“扫荡”湘赣根据地。1933年5月任赣、粤、闽、湘、鄂五省“剿匪”联军西路军总司令，参加对中央苏区第五次“围剿”。1934年10月，中央红军撤离瑞金，突围到赣、湘、粤边境，他率部依湘江东岸布防堵截。11月上旬任追剿总司令，率军尾追红军到贵州。1935年任“剿匪”军第一路司令，大肆“围剿”、追赶、堵截红2、6军团，对红军游击队实行残酷的“清剿”镇压。因反共反人民“有功”，他先后擢升为国民政府委员、二级陆军上将。

共和国开国领袖毛泽东的结发妻子杨开慧，就是1930年11月14日被此人杀害于湖南浏阳门外识字岭，死时年仅29岁。

红军北上后，被迫辞去第4路军总指挥职务，所部全调江、浙，军事实力被剥夺。1937年11月底任国民政府内务部长。1939年春任军事委员会抚恤委员会委员。抗日战争胜利后辞职，往南岳休养。

1949年春迁居香港。次年夏到台湾，被聘为台湾当局“总统府”国策顾问。1956年4月在台北病逝，终年69岁。

1929年2月27日，南京国民政府任命何健为湖南省代理省主席。

1937年11月，蒋介石把何健调任内政部长，从此结束了何健统治湖南九年的历史。1939年春，蒋介石又撤消了何健的内政部长职务，调任抚恤委员会主任委员。从此，何健深居简出，不问政事。抗日战争胜利后，何健因病辞去抚恤委员会主任委员的职务，此后长期在衡山南岳休养。