北京协和医学院由美国洛克菲勒基金会于1917年捐资创办，1919年10月开办八年制医学本科，是我国最早设有八年制临床医学专业和护理本科教育的医学院校，被誉为中国医学殿堂。

学校历经"私立北平协和医学院"、"中国协和医学院"、"中国首都医科大学"、"中国协和医科大学"等多个历史阶段，于2007年5月18日正式复名为北京协和医学院。

为探求中国高等医学教育改革的创新模式，北京协和医学院与清华大学于2006年9月起开展合作办学，可同时使用"北京协和医学院--清华大学医学部"作为第二名称，并依托清华大学，部分进入"211"和"985"工程建设行列。

2007年5月18日，根据教育部、卫生部共建协议《中国协和医科大学和清华大学关 于落实两部协议的实施意见》，教育部《关于中国协和医科大学更名的通知》以及《国家事业单位登记管理局事业单位登记管理暂行条例实施细则》，中国协和医科 大学正式更名为“北京协和医学院”。鉴于与清华大学合作办学需要，有时使用“北京协和医学院—清华大学医学部”这一的名称。更名后，北京协和医学院仍为独 立法人单位，原隶属关系、人员编制、资产关系和经费管理体制保持不变。