1995年学校通过国家首批本科教学合格评价，1996年经国务院学位委员会批准成为硕士学位授予单位。1997年实行学院制，明确了以本科教育为主、积极发展研究生教育的办学思路。2000年确立了从单纯教学型向教学与科研并重型转变的办学目标。2005年经批准成为工程专业硕士授权单位，新增2个工程专业硕士培养领域。2006年1月经国务院学位委员会批准为博士学位授予单位。2014年11月27日，深圳大学正式成立研究生院。

截至2019年4月，学校有后海、西丽2个校区，占地总面积2.72平方公里，校园建筑总面积154.3万平方米；设有25个教学学院，2所直属附属医院；有国家级特色专业5个，省级特色专业14个；有省级重点学科15个；有博士学位授权一级学科点10个；博士后科研流动站3个，博士后工作站1个；有硕士学位授权一级学科38个；有专业硕士学位授权类别22个；工程学、临床医学、材料科学、生物学与生物化学、计算机科学、化学进入ESI学科世界排名前1%；有全日制在校生34156人；有教职工3616人（不含附属中学）。