北京酿制白酒的历史悠久。金朝将北京定为“中都”，传来了蒸酒器，酿制烧酒。

到了清代中期，京师烧酒作坊为了提高烧酒质量，进行了工艺改革。在蒸酒时用作冷却器的称为锡锅，也称天锅。蒸酒时，需将蒸馏而得的酒汽，经第一次放入锡锅内的凉水冷却而流出的“酒头”和经第三次换入锡锅里的凉水冷却而流出的“酒尾”提出做其它处理，因为第一锅和第三锅冷却的酒含有多种低沸点和沸点的物质成分，所以只摘取经第二次换入锡锅里的凉水冷却而流出的酒，故起为“二锅头”。

二锅头酒是一种很纯净的好酒，也是质量最好的酒。现在各地的白酒厂蒸酒时所采取的“掐头去尾”、“按质取酒”的方法就是沿承“二锅头”工艺原理而来的。清代末期，二锅头的工艺已传遍北京各地，颇受文人墨客赞誉。吴延祁在诗中赞道，“自古人才千载恨，至今甘醴二锅头。”将二锅头比作“甘醴”。

1949年，新中国建立，华北酒业专卖总公司北平酒业分公司，即北京市糖业烟酒公司的前身，立即组建厂房，生产二锅头酒。