超梦是在一座孤岛的研究所里，由从化石中重新取得的梦幻——一种极为珍稀并一度被认为已经灭绝的宝可梦——的DNA创造出来的。超梦对于自己无非是一个试验产品的观念感到痛苦并摧毁了实验室。紧接着它遇到了火箭队的首领坂木，后者提议超梦为其捕获宝可梦，而作为交换坂木将帮助超梦控制其力量。在接下来的数月里，超梦不断被训练，于坂木的道馆中与挑战者对战并于野外控制宝可梦们以便于火箭队捕捉。超梦最终意识到坂木无非是将它当作了工具，随即超梦摧毁了火箭队总部。在击败坂木后，超梦回到了它被创造出的岛屿并开始密谋对人类实施报复。 同时，小智一行人收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券里面写着：‘你们是最被看好、最有前途的宝可梦训练家，我以最强的宝可梦训练家的身份，邀请你们来参加我的宴会。好奇的小智一行向新岛的宝可梦城出发。当一行人到达港口时，却因为天候不佳，前往新岛的船只暂停行驶。港口管理员波佳为了不让宝可梦和他们遭到任何的意外，坚决不让众人出航，女警君莎也赞同波佳的看法。海男、空男和小甜三人打算搭乘宝可梦渡海。正当小智烦恼无法前往新岛之际，港口出现了一艘小船，船上维京人打扮的船家答应在小智他们渡海。正当众人在海中央之时，突然一个大浪打来，让操纵小船的船家露出了火箭队的真面目。小船被大浪打翻，小智和小霞赶紧叫出杰尼龟和宝石海星让众人紧捉，向新岛游去。 来到新岛，超梦揭露了事实：小智一行人和另外三名训练家超梦被选为“最强的宝可梦训练家”，后者制造了风暴来考验他们的意志。超梦斥责了他们与各自宝可梦的关系，小智和其余训练家在目睹了超梦出于个人目的绑架了乔伊小姐后使用对超梦进行了挑战。超梦使用对应的克隆宝可梦轻易的打败了他们，并开始使用特殊的宝可梦球对其进行了收服。小智追逐着四处躲避的皮卡丘来到了小岛的深处，并发现、摧毁了克隆机器。爆炸使得所有克隆品被释放，与此同时超梦下令它的宝可梦大军击败所有岛上的人类。