一天，宇宙开发中心的上空发现了来历不明的太空船（葛洛卡母舰），一名神秘女子藤原树理出现，继而受到一台葛洛卡 卒的袭击。高斯奥特曼及时出现并打败一台葛洛卡 卒，后葛洛卡 卒又出现了两台，高斯陷入危机，武藏和高斯合体，高斯变成日蚀形态，发出暂停射击停止了两台葛洛卡 卒，但是另一个奥特曼杰斯提斯忽然出现，他再次启动了两台葛洛卡 卒并且和他们联手击败了高斯，摧毁了宇宙运送火箭高斯诺亚。太空船的目的到底是什么？

原来，神秘女子来地球竟不是为了维持宇宙的秩序，而是要把地球上所有生物全部消灭！为了自救，世界各国想尽所有办法，但似乎，高斯的死是被提前判了死刑。地球即将毁于一旦，大家没有一点办法，除非奇迹出现…然而，武藏的亲人和队友都坚信高斯和武藏未死，他们四处奔走，希望奇迹真的出现！