《御赐小仵作》讲述了来自苏州紫竹县仵作世家的少女楚楚，为实现当仵作的梦想独自来到京城闯荡，参加仵作考试，遇到断案如神的安郡王萧瑾瑜和大理寺少卿景翊。萧瑾瑜招收楚楚作为仵作搭档一起探案，他们联手解决的第一个案子便是牵扯了京城几位权贵公子的命案。完美揭秘案件后，楚楚请求皇上将王爷萧瑾瑜赏赐给她，楚楚也因此成为了御赐王妃。随后，萧瑾瑜与楚楚一同离京，回到苏州紫竹县向她的家人提亲。这一路上，他们又破获了县令为解一时之气谋杀夫人的案件以及与多年前被迫害离京的吴郡王萧玦有关的连环杀人案，楚楚高超的仵作能力为萧瑾瑜的断案提供了巨大的帮助。在紫竹县，萧瑾瑜与楚楚成亲，宴请街坊乡邻，有情人终成眷属。此时，北方军营里又有案件传来，萧瑾瑜与楚楚又一同踏上了前往凉州的路途，在凉州军营，他们携手破获了将领通敌案，肃清了军营奸细，保北方边境安宁。