北医三院拥有骨科、运动医学研究所、妇产科3个教育部创新团队;拥有辅助生殖、心血管研究所和眼科3个教育部重点实验室;目前，30人次在中华医学会二级分会任主委或副主委，涉及19个科室;33人次在中国科技论文统计源期刊收录杂志任主编或副主编，涉及16个科室。

在几代人的共同努力下，北医三院拥有国内最强的脊柱外科和中国大陆成立最早、亚洲最大的生殖医学中心之一，中国大陆首例试管婴儿在此诞生。运动医学研究所是中国最早成立、国内唯一的中国奥委会指定运动员伤病防治中心。眼科在眼外伤及眼科疑难重症的诊治方面处于国内领先水平;消化科在溃疡病发病机制研究及治疗、早期胃癌的诊疗等领域居国内前列;心血管内科在冠心病介入治疗、急性心肌梗死“绿色通道”及临床与基础协调发展等方面居国内一流水平;成形科、职业病科是国内率先成立的临床特色学科。经2010年卫生部首批国家临床重点专科评估，骨科、药剂科(临床药学)、病理科、专科护理、检验科、消化科、妇科、产科、职业病科九个专科入选国家临床重点专科。