医院兼有北京市眼科研究所 (世界卫生组织防盲合作中心、博士后流动站)和北京市耳鼻咽喉科研究所(博士后流动站)，附设北京同仁眼库(国际眼库协会成员)，设有北京市眼耳鼻咽喉科疾病研究中心和北京市糖尿病防治办公室。

全院现有职工2064人，副教授以上及相应职称者241人。开放病床860张，设有37个临床和基础科室，日门、急诊量3500—5000人次，年均住院病人约1.5万人次。 眼科和耳鼻咽喉科技术实力雄厚。眼科的眼底病、眼外伤、青光眼、角膜移植、眼部整形、激光诊疗;耳鼻咽喉科的人工耳蜗植入、全耳再造、听力康复、头颈肿瘤治疗、气管异物取出、鼻内窥镜技术、睡眠呼吸暂停综合症治疗等技术处于国内领先地位，某些领域达到国际先进水平。心血管疾病诊疗中心的建立使医院形成重点学科三足鼎立的局面。内科的糖尿病综合防治、异体干细胞移植治疗重症血液病以及外科的微创技术、胰岛移植等方面的临床水平亦引人瞩目。