故事背景为：人神魔共存的时代，本来庇护人类的善神和恶神联手夹击人类，人类由一位持有轩辕剑的侠士领导了一支抗魔军，最后轩辕剑侠和善恶神同归于尽。从此，人类活在妖魔的阴影之中。十六年后，主角燕赤霞——也就是轩辕剑侠之子，经过一番历练之后，开始调查善恶神夹击人类的原因。

这是一个半成品，不仅剧情没有做完，甚至演员们都没有名字，因为当时正在热播电影倩女幽魂， 主角三人分别以《倩女幽魂》中的人物燕赤霞、宁采臣和聂小倩命名，燕赤霞的师父就是师父，没有名字，当然对于燕赤霞来说，师父就是唯一的师父，不需要有名字。游戏开始于，燕赤霞奉命拜访师父的好友——县太爷，同样没有名字，好友之间就“县太爷”、“他师父”这样来回称呼，还真是“相敬如宾”。 由于开发过程中一些开发人员需要去服兵役，做到一部份就停下来了。因此故事较短，被认为只是款试验作品。

虽然《轩1》只是一个半成品，然而轩辕剑系列的一些要素，却在这一代已经定型。