故事背景设定在三国时代，为“轩辕剑伍系列三部曲”的第二部，另两部为《轩辕剑伍：一剑凌云山海情》和《轩辕剑外传：云之遥》。“汉之云”源自游戏角色赵云的一段话，他说他与主角皇甫暮云的名字中都有一个云字，乃大汉的中坚力量，是汉帝国的精英。但从上下文中不难理解，“汉之云”中的“汉”字并非狭指蜀汉政权，而是指益州百姓、蜀汉子民，或者说整个大汉的命运。而根据人物设定，女主角横艾其实也是另一重要意义下的第三位“汉之云”。

三国时代初年，大汉丞相诸葛亮在数年的休息生养、累积国力之后，毅然决定利用魏帝曹丕新丧、洛阳人心不安之机，展开北伐复兴大业。自纪元二二八年起，诸葛亮连年发动北伐攻势，挥师祁山，袭逼关右。然而大锋攻势先后为魏军之宿将张郃、郝昭等人所遏阻，诸葛亮千里挥师，却再三折兵损将，屡屡无功而退。就在此时，汉军中突然出现一支来历不详、身份神秘之奇兵部队「飞羽」，他们从旁暗中协助汉军作战，虽然人数不多，但却人人实力非凡，以一抵百，因而屡建奇功。包含丞相诸葛亮在内，汉师全军上下无人知悉「飞羽」真实底细，只知他们并不隶属任何正规部队，也不受汉军正式号令所节制，但正也因为如此，反能在正规调度之外灵活作战，不断以奇袭立功。 在「飞羽」掩护下，汉将陈式顺利夺下敌国之武都郡，这是北伐多次以来，首次获得宝贵大捷！诸葛亮决心在此基础上，进一步发动第四次北伐，希望顺势略取陇右。纪元二三一年，他亲率主力部队进抵祁山，然而此时等在他们面前的对手，乃是刚移防至此地之新任大魏都督 司马懿。诸葛亮未料与己第一次交手之司马懿，竟一眼看穿他们在艰险蜀道上粮运之不易，因此故意采取坚壁战术，意图让汉军自己粮尽而退，再趁势追击！ 为了遏止司马懿的阴谋，「飞羽」决定再次出击！然而此时此刻谁也没有想到，此一为重重神秘面纱所包围的「飞羽」奇兵部队，在不久的未来，却将左右整个大汉之命运。