林肯号的建造合约在1982年12月27日由纽波特纽斯造船公司所取得，并于1984年11月3日安放龙骨。她在1988年2月13日下水，并在1989年11月11日进入服役状态。　1990年代　林肯号于1990年9月移动到太平洋，她在西大平洋的首次部署就遇上了1991年5月28日爆发的海湾战争，随即出发前往波斯湾。 当林肯号朝向印度洋时，碰上当时菲律宾吕宋岛上的皮纳图博火山(Mount Pinatubo)爆发，林肯号与其他23艘军舰一同参与了撤离任务，从苏比克湾海军基地(Subic Bay Naval Station)撤离超过45000人至宿务岛的港口。这是有史以来最大的一次在和平时期的军事撤离任务。 在撤离任务完成后，林肯号继续前往波斯湾，进行事先的侦查任务和空中巡逻，以协助美军和其他盟国部队参与海湾战争。 在1992年初，林肯号参与支援南方守望行动(Operation Southern Watch)，监视伊拉克南方的禁飞区。 1993年10月，林肯号前往索马里的沿海地区，以协助联合国在当地的人道任务。在4个星期里，林肯号的机队在摩加迪沙的上空进行巡逻，以支援重拾希望行动(Operation Restore Hope)。 1993年4月28日，林肯号成了有史以来第一艘接纳女性飞行员的航空母舰。并于1994年10月24日离开圣迭戈，开始进一步的更新训练。就在隔天，该名女性飞行员卡拉·胡特格林(Kara Hultgreen)，在驾驶F-14雄猫式战斗机降落时，由于引擎的故障和飞行员的疏失导致丧失动力而坠落海中而身亡。 林肯号的第三次部署开始于1995年4月前往波斯湾，再次协助南方守望行动。 林肯号在1998年6月开始第四次部署任务，同样是前往波斯湾协助南方守望行动。那三个月正逢波斯湾几年来最热的一次夏季，飞行甲板上的温度据称达到了摄氏66度。 在1999年，林肯号参与了几次美国海军的内部演习。接着再次前往波斯湾协助南方守望任务。在这次部署中，整个航空母舰战斗群获得优秀单位嘉奖(Meritorious Unit Commendation)的表扬。同时林肯号由于良好的指挥而获得了有名的阿莱·伯克奖(Arleigh Burke Award)。　2000年代　当911恐怖攻击事件发生时，林肯号正待在港口里。在2002年7月20日林肯号前往支援恒久自由行动(Operation Enduring Freedom)，并再一次支援了南方守望任务，之后林肯号前往拜访了澳大利亚的珀斯。在那里林肯号接获命令前往波斯湾参加美伊战争。 在美伊战争中，林肯号的机队和其战斗群一同参与了最初对伊拉克的轰炸行动和空袭。在这次行动里，林肯号的机队进行了约16500次的飞行，并投射了160万磅的弹药。林肯号于2003年5月返回圣迭戈，并获得总统乔治·W·布什的参访。 林肯号在2004年10月15日再次出海。当2004年印度洋大地震发生时，林肯号正停留在香港，为了协助正在进行的国际性救济和救援行动，林肯号前往受灾严重的苏门答腊西海岸以提供人道救援。 2005年1月中旬，在印尼政府拒绝让林肯号的机队进行空中训练后，由于依据规定航空母舰飞行员必须在2至3周内进行至少一次飞行练习，林肯号离开了印尼。尽管已经处在公海，林肯号仍继续为印尼提供人道援助直到2月4日。在33天的援助行动中，林肯号和其战斗群投递了共570万磅的援助补给品。　2010年代　2010年9月，林肯号开始了它例行的在西太平洋和中东地区的部署。2011年2月初，在中东地区的任务由卡尔文森号接替后，林肯号航母舰队开始回航，2月14日和马来西亚王家海军联合举行了演习，2月16日抵达新加坡访问，接待了新加坡和其他国家的3000多客人上舰参观。同行的一艘导弹驱逐舰舒普号则于2月15日来到位于澳大利亚西岸的弗里曼特尔港进行访问。此时，另外一艘同属美国太平洋舰队的里根号航母正在加州外海训练，也即将开始它在西太平洋和中东的部署行动。这样，每隔两到三个月，就有一个美国海军航母舰队由美国西岸出发，轮流前往东亚然后中东部署。它们在东亚主要进行港口访问并和盟友的海军举行联合演习。在中东(阿拉伯海)则有战斗任务，支持美国在伊拉克和阿富汗的军事行动。2月22日，文莱高级军事代表团访问了正在南中国海行驶的林肯号。3月6日，林肯号跨过国际日期变更线返抵东太平洋海域。3月10日，林肯号抵达夏威夷。3月14日，在长达6个月的部署即将结束的时候，载着约1000名林肯号官兵的家属还有5000名官兵的林肯号航母由夏威夷出发，开始了老虎游轮旅行。3月19日,林肯号航母抵达圣地亚哥，3月24日，回到母港即华盛顿州的艾弗雷特军港。6月27日，林肯号短暂出海航行。7月13日，林肯号再次出海赴南加州外海训练并参加在洛杉矶举行的海军周活动。 2011年12月7日，林肯号离开华盛顿州艾弗雷特海军基地，它将赴东亚和中东环球巡游，五个月后会抵达弗吉尼亚州诺佛克军港，接受长达五年的核动力航空母舰服役期中大修和核燃料重注工程。它在美国太平洋舰队的角色将由尼米兹号接替。以往不同的是，卡尔文森号11月30日刚刚离开圣地亚哥也赴东亚和中东部署。两艘航母的部署时间上似有重叠，虽然林肯号这次部署兼带换母港。1月7日，林肯号抵达泰国林查班港访问。1月19日，林肯号抵达阿拉伯海并和即将返航的斯坦尼斯号举行了交接仪式。1月23日，林肯号航空母舰战斗群，通过霍尔木兹海峡进入波斯湾。2月1日至5日，林肯号访问巴林.