1990年6月，福建省人民政府批准成立“省福厦漳高速公路建设领导小组办公室”；1993年3月，福建省人民政府批准成立“福建省福厦漳高速公路建设总指挥部”，作为福厦漳高速公路项目的建设单位，行使业主职能。

1995年，“福建省福厦漳高速公路建设总指挥部”更名为“福建省高速公路建设总指挥部”；1997年8月，经福建省人民政府批准，以福建省高速公路建设总指挥部评估后的国有净资产为注册资本，成立了福建省高速公路有限公司，注册资本为10亿元人民币。

1999年6月28日，福建省高速公路有限公司联合福建省汽车运输总公司、福建省公路物资公司、福建省畅达交通经济技术开发公司和福建福通对外经济合作公司，共同发起设立福建发展高速公路股份有限公司。

在泉厦高速公路建设期间，交通部曾安排车辆购置附加费等资金给予支持。在2000年6月，交通部明确了原安排的建设资金所形成股权15813.6136万股的委托管理单位为华建交通经济开发中心。省高速公路公司将持有的15813.6136万股变更为华建中心持有。

2001年1月5日本公司以上网定价发行的方式在上海证券交易所向社会公众成功发行了20000万人民币普通股（A股）股票。公司注册资本变更为68500万元。