童第周身兼数职，他的身份是复杂的，他的工作是多面的，但他从来没有忘记过自己的立身之本--科研，即使百务压身，即使病魔纠缠，他都要使劲地挤出点点滴滴的时间，坚持到他心爱的实验室去干上一会儿，因为他明白科学是老老实实干出来的，不是喊出来的，自己不动手做实验的科学家绝对成不了一个真正的科学家，充其量只是个科学政客。显微镜前端坐的身影，显微镜下灵巧的双手，几乎成了所有同事和学生对他最深刻的印象。

童第周的主要贡献之一，是50年代至60年代初关于文昌鱼发育的实验研究。由于文昌鱼在分类上的地位，其胚胎发育一向受到重视。过去曾认为其发育属于镶嵌型，如 缺损其一部分，不能通过调整作用补充完善。他用分离、 置换分裂球等方法，证明了文昌鱼早期胚胎分裂球的发育命运是有一定的可塑性的。而且，分属于3个胚层的分裂球，在实验条件下可以通过细胞间的相互作用，有不同程度的相互转化。此外，他还发现文昌鱼的胚胎发育中，具有与脊椎动物相似的诱导作用。