明万历年间，安徽祁门清溪人郑之珍在过往杂剧、变文及传说等的基础上撰写出《新编目连救母劝善戏文》。郑本目连戏一经产生，便在祁门、休宁、石台、婺源、歙县等地广为流传。祁门目连戏原没有固定演出场所，以鼓击节，锣钹伴奏，不用管弦，上寿时则用唢呐。

其基本唱腔古朴，为明中叶流行于徽州一带的“徽池雅调”，即徽州腔、青阳腔，保留“滚调”特点。脚色分生、旦、末、净、杂、襟，脸谱有鬼脸、标脸、花脸等。

表演吸收民间武术、杂耍的一些技巧，能走索、跳圈、窜火、窜剑、蹬桌、滚打等，这些表演特技被巧妙地融入剧情当中，成为表演武戏的特殊招式，为后来徽班的武戏表演奠定基础。演出班社大多以宗族为单位组班，即一个班社均由同宗同族的人氏组成，外姓人不得加入。

目连戏演出形式有二：一为演员直接扮演，谓之“大目连”；二为演员操木偶演唱，谓之“托目连”。一般以春、秋两季为盛，有“稻旺戏”(秋收)、“堂会戏”(公堂办，每五年或十年一届)、“庙会戏”(朝九华山)、平安戏、香火戏(还愿)等名目。演唱时间一、四、七、十日不等。