这次事件俄罗斯谈判代表有北奥塞梯共和国总统扎索霍夫、著名小儿科医生罗沙利及普京总统车臣顾问阿斯哈诺夫等人，解决人质危机主角为阿尔法特种部队。

到9月2日下午，学校外边有上千名人质家属苦候，他们主要为当地北奥塞梯族与车臣族人，为北高加索山区的强悍民族，如果他们亲人遭到无辜伤害，当地民众会有自发性的报复行动。俄官方事先并没有做出武力解救人质的计划，而是想继续通过谈判解决问题，但人质扣押者蓄意造成武装对抗的结局。

到9月3日下午1时左右，俄紧急情况部人员经绑匪同意进入学校往外运送被打死的人质尸体时，学校内响起数声爆炸。许多人质开始外逃，绑匪随即向逃跑的人质开枪，另有几名绑匪试图混入人质中。俄军立即朝绑匪开火，并随即冲进学校大楼，展开解救行动。

2004年9月4日俄罗斯当局在当地时间夜里2点左右，派出两架专机接载危重病人前往莫斯科的国防部医院抢救，俄罗斯政府已经决定要对伤亡人员进行补助;俄罗斯总统普京下令封锁北奥塞梯边境，搜捕在逃绑匪。

另据参与俄罗斯北奥塞梯共和国别斯兰市第一中学劫持人质事件的一名绑匪供认，这次劫持人质事件是车臣非法武装重要头目马斯哈多夫和巴萨耶夫下达的命令。2004年9月6日晚俄罗斯电视台播放了这名绑匪招供的录像。他说，他们被召集到树林里，一名绰号为“上校”的人宣布，他们要占领别斯兰一所学校，这是马斯哈多夫和巴萨耶夫下达的命令。这名“上校”宣称，必须在整个高加索地区发动战争。

电视录像没有透露这名绑匪的姓名和身份。俄护法机关一名官员6日说，调查表明，参与别斯兰劫持人质事件的恐怖分子来自外国和高加索各共和国，其中还包括一名北奥塞梯居民。

2005年12月，负责调查惨剧的俄罗斯检察官员发表报告说，政府当局在处理事件时没有犯错。

2006年12月22日，俄罗斯议会专门负责调查别斯兰人质事件的委员会公布的正式调查报告指出，俄有关方面在防范恐怖袭击和解救人质过程中存在一些严重问题和不足。