《潘多拉之心》的故事起始,其实要追溯到画面时间的一百年前,那个惨绝人寰的沙布里耶的灭城之夜(沙布里耶悲剧),所有的因果,全部的人物恩怨,都是由因一夜而起。不过这个故事的叙述时间,则是由昔日曾共同对抗巴斯卡比尔子民,并取得了最终胜利的四大公爵家中,处于领袖地位的贝萨流士家下一任家主奥兹·贝萨流士的成人仪式开始。
在这个仪式上,被奥兹视为挚友的侍从基尔巴特被控制,用奥兹的鲜血打开了前往关押重罪者的监狱“阿比斯”(另有译作“阿嵬茨”)的通道,在这个脱离了时空的监牢中,奥兹在生死关头,正式邂逅了出现在他梦中,最终改变了他一生命运的少女艾莉丝,灵体的称号是“染血黑兔”(B-Rabbit),拥有极强的战斗力,艾莉丝与奥兹缔结了非法的灵体契约,帮助奥兹从阿比斯回到了现实世界。