于第一部与第二部之间刊登了《旅行途中》短篇小说，简短的交代了金田一一于第一部完结时的自行车之旅所为何事，现在可以于金田一20周年官网中看到此文。

2004年8月开始在《周刊少年Magazine》恢复不定期连载，《吸血鬼传说杀人事件》是为的“第二部”的首个案件。2012年以《食人研究所杀人事件》开始在《周刊少年Magazine》恢复长期连载（20周年系列），《蔷薇十字馆杀人事件》于2012年12月26日开始连载，并于2013年4月17日完结此故事，作为20周年系列的终结故事。

新故事用回“新系列”作名称，标题定为《金田一少年事件簿 R》，以《雪鬼传说杀人事件》作为起始案件，同一时间于手机h程式MangaBox中和《高远少年之事件簿》同步连载中。而于2014年4月5日《金田一少年事件簿》第2季的动画启播。现在最的最新连载是《狐火漂流杀人事件》以及第一次由佐藤文也老师以外的漫画家——あわ箱作画，轻松搅笑向的《金田一少年之2日1夜小旅行》。