故事讲述了西历2036年，东京因核电厂爆炸事故中的核辐射污染而全面封锁，有三名女高中生被送进了这个“死都”之中。这些少女的代号为“COPPELION”，她们在基因改造技术下拥有天生的核辐射抗体，是隶属于陆上自卫队第三师团的特殊部队。于是，这三名身穿水手服深入东京的少女将要与变异生物战斗，解决暴动，遇到各式各样的危机，并在各种危难中艰难的存活。