1699年，外科医生格列佛随"羚羊号"出航南太平洋，不幸中途遇险，格列佛死里逃生，漂到利立浦特（小人国），被小人捆住。利立浦特人用专车把体积巨大的格列佛运到京城献给国王，他的出现几乎吸引了小人国所有的人。格列佛温顺的表现逐渐赢得了国王和人民对他的好感，他也渐渐熟悉了小人国的风俗习惯。当时，另一小人国不来夫斯古帝国准备从海上入侵利立浦特帝国，格列佛涉过海峡，把50艘最大的敌舰拖回利立浦特国的港口，立了大功。但是格列佛不愿灭掉不来夫斯古帝国,使皇帝很不高兴。这时，皇后寝宫失火，格列佛情急生智,撒了一泡尿把火扑灭，谁知却让皇后大为恼火.于是,小人国君臣沆瀣一气准备除掉格列佛。格列佛听到风声，赶快逃到不来夫斯古帝国，后来平安回到英国。

格列佛回家不久,就随"冒险号"再次出海,不幸又遇上风暴,船被刮到布罗卜丁内格(大人国).格列佛被一位高达20米的农民捉住.农民带格列佛到全国各大城市展览,最后来到首都.这个农民发财心切,每天要格列佛表演10场,把他累得奄奄一息.当这个农民眼看无利可图时,便把格列佛卖给了皇后.由于小巧伶俐,格列佛在宫廷中非常得宠,但是也常常遭到老鼠,小鸟等动物的侵袭.面对国王,格列佛沾沾自喜地介绍了英国各方面的情况及近百年来的历史,但被国王一一否定。格列佛在该国的第三年,陪同国王巡视边疆.由于思乡心切,他假装生病,来到海边呼吸新鲜空气.天空中的鹰错把他住的箱子当成乌龟叼了起来.几只鹰在空中争夺,箱子掉进海里,被路过的一艘船发现,格列佛获救后,乘船回到英国。

在家呆了一段时间,格列佛又随"好望号"出海.这一次,格列佛所乘的船遭贼船劫持,格列佛侥幸逃脱,被一座叫"勒皮他"的飞岛救起.这些人的相貌异常,衣饰古怪,整天沉思默想.国王和贵族都住在飞岛上,老百姓则住在巴尔尼巴比等三座海岛上.格列佛离开飞岛后,来到巴尔尼巴比进行访问,并参观了岛上的"拉格多科学院".这所科学院研究的全部是些荒诞不经的课题,结果造成全国遍地荒凉,房屋坍塌,人民无衣无食。

接着,格列佛来到巫人岛.岛上的总督精通魔法,能随意召唤任何鬼魂,格列佛因此会见了古代的许多名人,结果发现史书上的记载很多不符合史实,甚至是非颠倒。然后,格列佛又游览了拉格耐格王国,见到一种长生不老人"斯特鲁布鲁格".离开该国后,格列佛来到日本,然后乘船回到英国。

格列佛回家后五个月,受聘为"冒险号"船长,再次乘船出海.途中水手叛变,把他囚禁了几个月,然后被放逐到"慧骃国".在这里,格列佛遭到一种形状像人的名为"野胡"的畜生的围攻.幸亏一匹具有智慧的马——"慧骃"来给他解了围.原来马是该国有理性的居民和统治者,而"野胡"则是马所豢养和役使的畜生.格列佛的举止言谈在"慧骃"国的马民看来是一只有理性的"野胡",因此引起了他们的兴趣.格列佛很快学会了该国语言,应主人的邀请,他谈到在世界其他地方马是畜生,而像他那样的"野胡"则具有理性,并且是马的主人.这使"慧骃"感到很震惊.在"慧骃"各种美德的感化下,格列佛一心想留在"慧骃"国.然而"慧骃"国全国代表大会通过决议要消灭那里的耶胡.所以格列佛的愿望无法实现.无奈之下,格列佛只好乘小船离开该国打道回府.格列佛怀着对"慧骃国"的向往,一辈子与马为友。